Упомянем еще один вид использования культуры клеток, положивший начало генетическому изучению вирусов. Этот метод позволил получать «чистые» популяции вируса, характеризующиеся одинаковыми генетическими свойствами (в рамках естественной изменчивости). А получить чистую популяцию вируса — это значит располагать потомством одной-единственной вирусной частицы. Каким же путем этого можно достичь? На плоском дне чашки Петри выращивается однослойная культура клеток, восприимчивых к данному вирусу. Слой этот инфицируется вирусной суспензией в такой концентрации, чтобы в культуру попали от 20 до 30 инфекционных доз вируса. Затем зараженные клетки заливают теплой питательной средой с агаром, которая после охлаждения застывает. Культура закладывается в термостат и стоит там при температуре 37 °С. Через несколько дней вирус размножится. Поскольку доза его была достаточно мала, упругий слой питательной среды позволит ему заразить лишь соседние, ближайшие клетки.
Вирус не уничтожит всю культуру. В ней можно будет наблюдать лишь разбросанные пятна, состоящие из поврежденных или погибших клеток. Если такую культуру окрасить веществом, красящим только живые клетки, то пятна, содержащие размножившийся вирус, останутся неокрашенными. Они выглядят как пустые места в агаре и называются бляшками.
Содержимое этих неокрашенных бляшек (то есть погибших клеток вместе с вирусом) набирают в тонкую пипетку и переносят («пересевают») на свежую питательную среду. По прошествии какого-то времени (после размножения вируса) на ней получится потомство, происходящее от вируса из первоначальной инфицирующей дозы. Если суспензию вируса постепенно разводить —в 10, 100, 1000 и более раз и наблюдать, сколько неокрашенных пятен возникает в инфицированных культурах при каждой степени разведения, то можно получить данные, позволяющие высчитать количество вируса в исследуемом материале. Этот метод называется титрованием вируса. В современной вирусологии он представляет самый точный из используемых до сих пор методов установления количества вируса.